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胞抵抗着记忆组的细胞军团，剩下的则开始退却。
但很快的，黑暗核心发现这个算盘也打不响。那些防御细胞不知何时已经悄然绕到入侵细胞的后方，和前面的几种细胞一起包围了战场。这些防御细胞的攻击性虽然差了些，可入侵细胞却无法打破由它们构成的防线。而前方的锋线上，大片的金色正如同潮水呼啸而至，于是零的脑海里听到了一声尖叫。
那声音里，分明带着恐惧的味道。
原来黑暗核心也会害怕，或许说它从普罗休斯体内分离之后，为了适应环境而不得不进化出自我意识。如此一来，虽然可以自主进化，但有了意识，便也会拥有类似生物的情绪。那是生命与生俱来的本能，就连黑暗核心也不例外。或许它化身成黑暗之神后，压根没想到有一天会逼上这样的绝境。
战斗仍在继续，记忆组的细胞军团已经开始收缩战线，入侵者全数被歼灭只是时间上的问题。黑暗核心同样意识到这个问题，它似是下了一个决定，接着零的脑海中响起一个低沉，略带匆促的声音：“我投降！我可以放弃抵抗，甚至开放我的意志。你将成为我的主人而非宿主，只要你不毁灭我，你会得到更为强大的力量。”
不得不说，这是一个十分诱惑的提议。黑暗核心作为普罗修斯的动力源泉，其价值绝非普通的生物器官所能够衡量。试想想，即便只是得到它用支配者伪装成的种子，像莫妮这种只是拥有潜力的人类都可以一跃成为九阶强者。那么得到完整的黑暗核心，零说不定能够一步跨进十二阶，甚至更高的层次！
可这个想法才刚升起，就立刻被零掐灭。若是其它性质的东西，零或许会赌一把。可这是黑暗核心，天知道它会不会给自己留下什么后门。到时候无法成为它的主人，反而沦为宿主，那就可悲了。
力量固然重要，但来自于自己的力量无论何时都要保险一些。零咬牙，在脑海里回应道：“我拒绝！”
他的意志被记忆组忠实地执行，细胞军团加大了歼灭的力度，一时间，入侵细胞的阵线隐有崩溃之势。黑暗核心突然收拢了所有细胞，它们集合在一起，飞快地重组回原先棱形晶石的模样，而不再以细胞的形态出现。同时，棱形晶石的表面喷出一圈淡淡的黑焰，这是防御性能全开的表现。
在这样的状态下，黑暗核心不会那么容易被吞噬掉，还有机会逃出零的体内。只是记忆组似乎不打算让它如愿以偿，无以数计的金色细胞一拥而上，它们撞上黑暗核心的时候就会被那外层的火焰烧成了灰。可金色细胞实在太多了，除却之前记忆组自行生产的之外，其中有一小半来自于被同化的入侵细胞。
如此一来，零的血管中充斥着大片的金色。它们就像悍不畏死的小兵，前扑后继地冲击着黑暗核心。在金色细胞的不断冲击之下，黑暗核心外层那圈火焰越来越淡，到最终完全熄灭。没有了火焰的保护，金色细胞开始进攻黑暗核心的本体。
它们那些金色的尖刺每次只能在黑暗核心的表面开出一个几乎无法察觉的缺口，而且金刺一旦进入黑暗核心之中，就会被核心深处散发的一阵震荡性力场所震爆，然后核心会分泌出一种漆黑的物质将缺口补上。只是金色细胞的数量太多，多到足以迅速消耗核心能量的程度。
到了这时，黑暗核心已经到了强弩之末。只能被动地防御着金色细胞的入侵，当金色细胞耗损了三分之二的时候，黑暗核心的表面已经千疮百孔，它甚至已经没有力量去修补缺口，只能将能量紧缩到中心处。而这个时候，金色细胞开始将自己的基因片断传播进黑暗核心里，试图改变其基因，使之同化。
这是前所末有的事，就连零也不知道，一旦同化成功，那么黑暗核心会变成什么东西？这个问题没有人能够知道，随着金色细胞的不断进攻，它们同时也为记忆组截取了黑暗核心的基因片断。零的大脑枢阵立刻运行起来，开始破译黑暗核心。但从建立起来的数据模型来看，要完全破译黑暗核心需要的时间不是一般的长，几与破译虚无的奥秘不相上下。
黑暗核心这时发生了变化，它的外层已经注满了一圈金色，只有中心处仍是漆黑一团。它的自主意识似乎消失了，没有再形成某种强烈的意志波动，只有纯粹的于核心深处仍有能量的震荡感传来。突然，核心外围的一圈物质突然崩裂迸碎。
核心被磨去了棱角，如今只剩下指甲般大小的圆形晶体。这是黑暗核心最终，也是最纯粹的物质，它已经还原到最初的形态，甚至比从普罗休斯体内被剥离出来的时候还要更加纯粹！